타르타노스 전쟁의 제2기는 코엘리스 교단에서는 새로운 세력들의 힘으로 전쟁을 이기게 된 것을 기억하는 의미에서 노비타스 전쟁으로, 마쿠아펠 교단에서는 자신들이 따르던 악마의 이름을 따라 베르키엘 전쟁으로 부르고 있다.

제1기 타르타노스 전쟁이 끝나면서 대륙의 지층을 돌기 시작한 프리모디움의 재생의 힘은 대지를 변화 시키는데 그치지 않고, 부근에 묻혀있던 베르키엘을 깨어나게 하였다. 하지만, 베르키엘은 아스모렐이 충분히 가까운 곳까지 오지 못하고 알리에누스들에게 저지 당한 덕에, 충분한 힘을 얻지는 못한 채 깨어나게 되었다. 한편 그가 본거지로 삼은 마리스 성의 부근에서는 특별한 광물들이 생산되었는데 베르키엘은 그 광물을 이용해 만든 무기로 마쿠아펠 교단의 전사들을 무장시켰다. 이에 더해 그는 마쿠아펠을 섬기는 인간들에게 자신의 피를 나누어 주고, 또 마법을 전수해 줌으로써 마쿠아펠의 봉인을 풀기 위한 준비를 하게 된다.

오래 전 콘실루스로부터 마법을 전수받은 소수의 인간들은 오직 자신의 가문을 통해서만 은밀히 마법을 전수해왔다. 이는 그들이 받은 피를 순수하게 보존하기 위함이었다. 그들은 대대로 연마한 강한 마법을 사용하여 제1기 타르타노스 전쟁동안 코엘리스 교단의 주력이 되어 싸워주었고, 비록 수는 적었지만 코엘리스 교단의 중추적인 세력으로 성장할 수 있었다. 마법을 사용하는 데에는 마법사의 피 뿐만이 아니라 후천적인 노력도 크게 작용하는데, 이러한 이유로 마법의 혈통을 공유하고 공개적으로 후계자들을 찾아 양성하자는 "마법 보편화론"이 대두된다. 하지만, 가문을 통해서만 전수되던 마법으로 세력을 얻게 된 마법사 가문의 일부는 이런 의견에 찬성하지 않았고, 결국 마법사 가문들간에는 큰 논쟁이 일어나게 된다. 그들의 논쟁이 길어질 수록 코엘리스 교단의 세력은 점점 약화될 수밖에 없었다.

그 틈을 타 마쿠아펠 교단의 흑마법사들은 맹렬한 공격을 퍼부었고, 월등한 무기와 방어구를 입은 마쿠아펠 교단의 전사들의 난입으로 크로노스 성을 제외한 모든 곳이 마쿠아펠 교단의 세력권 아래 놓이게 된다. 마쿠아펠을 깨우기 위해 크로노스 성으로 진격하던 베르키엘은 강한 마법으로 시티스 테라 지역을 사막화 시키고 크로노스 성을 고립시킨다. 베르키엘은 수하인 네쿠엠에게 시티스 테라 전반을 맡아 고립을 벗어나려는 코엘리스 교단의 공격을 막아내게 하였고, 또 다른 수하인 스켈러스에게는 고산지대인 파트리아의 점령을 맡겼다. 그런 다음 베르키엘은 그가 가장 신임하고 능력을 높이 사는 레스케일을 대동한 채 크로노스 성을 호시탐탐 노리고 있었다.

그러는 사이 스켈러스는 파트리아에서 그 동안 볼 수 없었던 감춰진 지역을 찾아냈다. 그리고 그곳에서 새로운 종족을 만나게 된다. 그들은 거대한 몸집과 괴력을 지닌 발데우스의 피를 받은 새비지였다. 스켈러스는 베르키엘에게 그 사실을 알렸고 그 소식을 전해 들은 네쿠엠은 공을 세우기 위해 자리를 지키라는 명령을 어기고 파트리아로 향한다. 이와 동시에 다른 지역에 있던 새비지들이 이페루스 몬타누스 산맥으로부터 내려와 시티스 테라의 교역로를 확보하게 된다. 명령을 어기고 어리석은 행동을 한 것을 깨달은 네쿠엠은 스스로 목숨을 끊게 되었고, 스켈러스는 서둘러 크로노스 성으로 향하지만 전세는 이미 기울어 역전 당해 스켈러스와 레스케일 모두 처참한 패배를 맛보게 된다.

그 전까지는 아무도 갈 수 없었던 이페루스 몬타누스(Efferus Montanus)에서 갑자기 새비지 종족이 출현할 수 있었던 것은 마이어 섬 부근을 떠돌던 프리모디움이 재생의 힘이 발생되는 시기가 가까워지자 이페루스 몬타누스에 쳐있던 결계를 흡수해 버렸기 때문이었다. 새비지 종족의 전설에는 결계가 풀리는 날 자신들이 해야 할 일에 대해 기록된 예언서가 있었다. 이로써 과거 자신의 피를 인간에게 나눠준 발데우스의 노력은 600년이 지나 증명되게 된다.

미지의 세력이던 새비지의 도움으로 위급한 상황을 면하긴 했지만 코엘리스 교단이 전세를 역전하기에는 여전히 부족했다. 이 때, 마법사 가문 중 하나였던 카논 가문의 젊은 지도자이자 대마법사인 에닌데릭 카논은 마법사 가문의 논쟁을 종결시키고 세력을 하나로 규합한다. 그리고 그는 과거의 혼란을 딛고 크로노스를 구원하기 위해 크로노스 성으로 달려온다.

대격전의 날 에닌데릭 카논과 매지션들 그리고 새비지 종족의 전사들은 베르키엘을 궁지에 몰아넣고 그에게 큰 부상을 입히는데 성공한다. 군대를 잃고 큰 부상을 입은 베르키엘은 결국 살해되고 만다. 그러나 그의 군대를 포함한 그의 시신은 갑자기 나타난 어둠의 구멍 속으로 빠져들어 사라지게 되었고 그 후 마쿠아펠이 남아 있는 힘으로 그들의 영혼을 흡수해 돌아간 것이라는 소문과 흑마법사인 베르키엘의 의도된 속임수라는 소문이 돌게 되었다.

에닌데릭 카논은 전쟁이 끝난 후 신비한 기운이 서려있는 숲 지역인 대륙의 서쪽에 마법 학교를 설립. 카논 마법학교로 명명하였다. 또, 유달리 강한 광물이 생산되던 마리스 성 주변의 광산들을 모두 폐광시키고 그것을 안전하게 다룰 수 있는 시기가 올 때를 기다리며 마법을 이용 봉인을 해버렸다. 당시 카논을 호위하던 전사였던 아모스 라르손에게 카논은 전사를 위한 마법을 직접 만들어 전수해 주는데, 라르손 가문은 훗날 마법을 사용하는 전사인 파이터 집단을 형성하게 된다.

힘의 파장으로 생겨난 홀 속으로 빠져든 베르키엘과 그의 수하들은 그 내력을 알 수 없는 새로운 종족 '데몬' 에 의해 흡수된 것이었으며, 그들이 존재하는 또 다른 공간 라퓨타는 사람들의 손이 닿지 않는 하늘에 있었다.